2000 ans plus tôt. Une entité maléfique s’échoue sur la Terre. Celle-ci invoque fléau et désastre, détruisant quasiment toute la race des Anciens : les Cetras. Le temps passe et la puissante compagnie connue sous le nom de ShinRa, spécialisée dans la conception d’armements et de production d’énergie, met les mains sur les restes de celle que l’on surnomme la Calamité des Cieux, appelée Jenova par les scientifiques de la ShinRa. Commence alors le Projet Jenova sous différentes formes. Les prémices de la perte de la ShinRa se font sentir, lentement mais sûrement. Expériences, débauches, manipulations... Vous devrez faire face à tout type de danger pour avancer et survivre.